Desatendiendo el consejo de Dobby, el elfo doméstico, sobre el grave peligro que se avecina si regresa a Howgarts, Harry se aventurará en su segundo año en Howgarts y verá cómo se cumplen las predicciones de Dobby. Muy pronto Harry se verá envuelto en una oscura trama contra sus compañeros de clase cuando empiezan a quedarse petrificados. ¿Será culpa de Draco Malfoy o quizá se esconda algo más maligno detrás de todo esto? Con la vuelta de Hermione, Ron, Hagrid... y de la lechuza Hedwig, por supuesto, el jugador podrá asistir a nuevas clases y aprender conjuros de Segundo año que le ayudará en su búsqueda para descubrir la verdadera identidad de la Casa Slytherin.
Los jugadores de PlayStation 2, Xbox, Nintendo GameCube y PC disfrutarán de fantásticos ambientes 3D propios de este mundo mágico; y no sólo serán Harry Potter en el mundo de Harry Potter sino que podrán ahondar en la personalidad del personaje a través de cierta voz interior que les guiará en el mundo de Harry Potter. Además podrán conversar con personajes como Myrte la Llorona, comprar en el Callejón Diagon, explorar los complejos pasillos de Hogwarts y tomar importantes y decisivas decisiones en el mundo de Harry Potter.
Por supuesto, Harry podrá invocar conjuros contra enemigos, siempre que los ejecute a la perfección ya que, de lo contrario, podría tener graves, o incluso divertidas, consecuencias. Dentro de cada nivel, el jugador disfrutará de distintos mini juegos como ayudar a la Sra. Weasley a limpiar de gnomos su jardín, desafiar a otros estudiantes en el Club de Duelos del Profesor Lockhart o completar muchos otros mini juegos.
Harry vuelve a tu Playstation para explorar las nuevas ambientaciones interactivas creadas y luchar por ganar la Copa para su Casa. Una vez que supere el curso en Pociones, Transformación y Herbología, el jugador empezará a cogerle el gusto a ser el estudiante más famoso de Hogwarts mientras aprende importantes conjuros y pociones necesarias para triunfar en La Cámara Secreta.
Se ha incorporado un impresionante y novedoso motor de juego para los usuarios de Game Boy Advance con el que reproducir los elementos renderizados aparecidos en los demás títulos de las otras plataformas. Además, el jugador podrá conectar su GBA a su Nintendo GameCube a través del Cable Link y transferir nuevos mapas, artículos mágicos y conjuros secretos.
El juego para Game Boy Color es un increíble RPG en 2D que guiará a Harry a través de un viaje sin fronteras hacia el mundo de Hogwarts. Incluye además partidos de Quidditch, duelos mágicos entre varios jugadores y los habitantes de Hogwarts, intercambio de cromos de Magos y Brujas Famosas y otros divertidos y mágicos mini juegos.